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Google醫療AI工具DeepVariant走上雲端

  • 邱龍傑
Google開源醫療AI工具DeepVariant部署於Google雲端。Google

由Google Brain與Verily Life Sciences打造,用來提高基因組測序準確性的工具DeepVariant,現在可以透過Google雲端平台(Google Cloud Platform;GCP)取得,為DeepVariant的普及應用目標奠定基礎。

據Healthcare IT News報導,開發團隊在Google雲端平台上部署開源版本的DeepVariant,並採用可擴展的Pipelines API,優化成本和達到快速周轉的目的。為用戶在當前的運算環境中探索和評估DeepVariant的功能,同時提供雲端解決方案,滿足基因組龐大數據集的需求。

DeepVariant透過高通量測序的準確性,解決精密醫學當前面臨的最大挑戰之一。開發人員DePristo與Poplin表示,30億鹼基對基因組中只有100個基因,每個鹼基的錯誤率在0.1~10%之間,所有配對的鹼基被組織成23對染色體。

為了構建DeepVariant,Google Brain團隊首先從GIAB(Genome in a Bottle Consortium)組織的參考基因組開始,創建數千萬個編碼高通量測序數據的示例。下一步是培訓Google TensorFlow分類模型來區分真正的基因組和實驗數據。

2016年DeepVariant在美國食品藥品監督管理局(FDA)發起的PrecisionFDA Truth Challenge競賽中拿到第一名,從那時起Google就將DeepVariant錯誤率降低50%以上。

微軟(Microsoft)與匹茲堡大學醫學中心合作發展人工智慧(AI)並發布新產品包括HealthVault Insights、Microsoft Genomics、聊天機器人與Project InnerEye之後,於2017年9月在英國成立專注醫療保健的人工智慧實驗室。

而IBM Watson自2015年收購Phytel和Explorys以來,一直專注在醫療保健人工智慧,並為超級電腦的產品組合添加華生基因體學方案Watson for Genomic和腫瘤解決方案Watson for Oncology。

Google的目標是將技術應用在醫療保線與其他科學應用上,最終讓工具與數據提供給更多人使用。DeepVariant是利用Google的運算能力和機器學習來理解基因組,並為社群提供更深入基於學習的基因組學工具。

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